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法人であれば本店の所在地、個人事業主であれば仕事をしている場所で行われます。但し合理的な理由があれば会計事務所等で行うことが認められる場合もあるようです。

税務調査は修正する事項がないか、又は修正申告を提出して納税を行えば終わります。税務署に指摘されたからと言って必ず修正が必要になるわけではありません。納税者としてきちんと主張すれば認められることもあります。ここで重要になるのが税理士の交渉力です。したがって税務調査に強い税理士に依頼するをお勧めします。